Il réunit les dix écoles doctorales des universités bordelaises dans l’ensemble des champs disciplinaires couverts par les établissements fondateurs du PRES.
Le Collège Doctoral représente environ 2600 doctorants pour environ700 thèses soutenues chaque année.

Il a pour mission de promouvoir le doctorat de l’Université de Bordeaux, d’amplifier l’ouverture des Ecoles Doctorales à l’international par le financement de cotutelles de thèse et garantir une formation par la recherche de qualité permettant une insertion rapide et durable des docteurs dans la société de l’innovation.
Il assure le suivi de la Charte des Thèses partagée par l’ensemble des Ecoles Doctorales d’Aquitaine.
Il doit constituer à terme un référentiel associé au label « Docteur de l’Université de Bordeaux » concernant la durée de la thèse, les conditions d’encadrement et la délivrance du diplôme.

Le Collège Doctoral prend en charge la formation des doctorants au cours de leur thèse et met en place des modules d’enseignement permettant l’ouverture vers d’autres champs du savoir, permettant d’appréhender les métiers de l’enseignement supérieur et de la recherche, de s’initier aux processus de transfert de technologie et de création ou reprise d’entreprises. Il a en charge l’organisation des Doctoriales© d’Aquitaine et assure le suivi et la mise en place du dispositif  doctorants-conseil en lien avec les Universités, les entreprises et les collectivités territoriales.

Le Collège Doctoral de Bordeaux est partenaire de l’association de doctorants Aquidoc et organise le suivi de l’insertion des docteurs dans la vie professionnelle.